制定合理的免疫程序
根据疫病流行情况确定接种计划
对于本地从未发生过的疾病不要轻易引入疫苗，尤其是弱毒活疫苗，若一定要使用，最好用灭活苗，以防散毒。有些疫苗只在疫区应用，非疫区应用反而有可能会人为造成疫病的传播，例如禽脑脊髓炎疫苗和传喉疫苗。
合理安排免疫时间
两种或两种以上弱毒活疫苗同时接种，会产生干扰现象，降低机体对某种疫苗的免疫应答反应，该作用在接种后2～3天最强，约7～10天消失，故两种疫苗使用间隔应在7天以上，或者是使用联苗，但不能随意的将两种疫苗混合使用，因为有些疫苗间存在干扰作用，会导致免疫效果降低甚至失败，如，传支疫苗、鸡痘疫苗都能影响新城疫疫苗。
确定最佳免疫时机
应在疫病流行季节之前1～2月进行免疫接种，使疫病的流行高峰时节，畜群的免疫力达到最高。对于新城疫、禽流感等常发病，有条件的养殖单位，最好通过免疫监测来确定免疫时间，以避免母源抗体或上次接种残留抗体的影响。例如，新城疫的免疫，若测得血凝抑制滴度在24以上，就不用免疫；若血凝抑制滴度低于24，就必须进行免疫。
选择适宜剂型疫苗
首先要了解病原有无型别差异，若有则需用当时流行的型或应用多价苗，因为有些病原不同的型或者亚型之间没有或仅有部分的交叉免疫性，例如口蹄疫、传支、法氏囊、禽流感等；其次，疫苗又有活疫苗、灭活苗之分，多数活疫苗需冻干保存，通常称为冻干苗，其潜伏期短，抗体产生快，而灭活苗潜伏期长，抗体产生缓慢常需加入适当的佐剂以增强免疫效果；冻干苗的毒力又有强弱之分，一般首免或日龄较小的畜禽选择毒力较弱的疫苗，强化免疫时选择中等毒力的疫苗，极少情况下也使用强毒疫苗，如用小鹅瘟强毒免疫母鹅，从而为雏鹅提供坚实的被动免疫力，但该过程同时也是散毒的过程，应慎重。
选择最适合免疫接种途径
首先要考虑到病原体的侵入门户及定位，尽量使免疫途径符合自然情况，这样既可以刺激全身的体液免疫和细胞免疫，又可以使局部免疫力尽早的发挥作用。例如ND、IB疫苗可通过点眼、滴鼻的方式免疫，FP疫苗最好以翼膜刺种或毛囊涂擦的方式接种；IBD冻干苗以饮水和滴口效果最好；而灭活苗只能以注射方式送入体内，因为灭活苗不能突破机体的皮肤黏膜屏障。
确保疫苗质量
购买疫苗时要选择正规厂家生产的疫苗，疫苗标识上具有国家审批的批文、批号，可看清疫苗生产日期，疫苗瓶塞无损坏、松动，瓶身无裂纹。疫苗无变色、变质等现象，不使用超过有效期的疫苗，不使用包装不合格的疫苗。油乳剂灭活苗若出现上下分层或内有异物等情况也不要应用，更不能用上次未用完的疫苗。
疫苗买到后应妥善运输、保存，冻干苗应冷冻保存，运输时要存放于冰瓶（壶）中，购回后应尽快应用，避免反复冻融降低疫苗效价；灭活苗应冷藏(2℃～8℃)保存，冷冻时反而会使疫苗与佐剂分离，导致免疫力降低；有一些疫苗保存条件特殊，如MD细胞结合性疫苗必须液氮保存，更需特别注意。
无论使用哪种免疫方法，疫苗都应现用现配，稀释好的疫苗要放在阴凉处，及时使用，气温在15℃左右应在当天用完；15℃～25℃应在6小时内用完；25℃以上4小时内用过完，过期废弃。有些疫苗则需在1小时内用完，如MD细胞结合疫苗。
免疫前后精心饲养
每次免疫接种对动物机体都是一次应激，甚至会造成一定的不良反应，故在免疫接种前后应3～5天内特别强化饲养管理，补充电解多维、维生素C和维生素E等抗应激药物，以缓解和降低各种应激反应，增强免疫效果，防止继发或并发其他疾病。
免疫前后的5～7天内应避免应用对疫苗免疫应答有负面影响的药物，如氯霉素、四环素等可降低白细胞。另外，在使用由细菌制成的活苗，如巴氏杆菌苗、猪丹毒杆菌苗时，接种前后10天不能使用抗生素和磺胺类药物，也不能饲喂抗生素饲料，以免造成免疫失败。
在给家禽接种ND疫苗和IB疫苗时均可促进鸡群支原体感染的发生，故在上述两病接种前3～5天可连续在饲料和饮水中加入治疗支原体病的敏感药物如红霉素类进行预防。
正确认识免疫与环境的关系
清洁舒适的环境有利于动物的健康，也有利于动物产生及时有效的免疫应答。
1．动物机体的免疫功能在一定程度上受到神经、体液和内分泌的调节，在环境过冷过热、湿度过大、通风不良、拥挤、饲料突变、运输转群及疫病等应激因素，会通过以上调节方式减弱机体的免疫力。故不能过分依赖免疫接种而忽视饲养管理。
2．疫苗接种后需一定的时间才可产生较强的免疫力，弱毒苗需5～7天，灭活苗需10～15天，若环境卫生状况不良，圈舍及周围环境中存在有大量病原微生物，极易在抗体产生前使动物受到传染，即便是抗体水平较高的动物只要环境中有大量病原存在，也有发病的可能。故应彻底消除“重免疫，轻消毒”的错误认识。
3．接种后器具应清洗干净，彻底消毒，疫苗瓶更应妥善处理，深埋或消毁，以防散毒或变异株的出现。